Estadistica i Informatica en Biologia Molecular.
Curs 1997-98

Aquesta pagina estara en construccio fins el mes de maig de 1998
Podeu adrecar suggerencies sobre el contingut del curs a rguigo@imim.es

Presentacio

El curs preten ser una introduccio a les tecniques computacionals per a l'analisi de sequencies. Es fara particular emfasi en els problemes de l'alineament de sequencies, recerca de similaritat en les bases de dades, i identificacio de dominis funcionals en sequencies de DNA i proteines. Els problemes de la prediccio de l'estructura i funcio de les proteines seran tractats en un nombre de seminaris independents per especialistes en aquests camps. El curs tindra un fort component practic, pero es procurara proporcionar la fonamentacio teorica de les tecniques mes utilitzades. A mes, un parell de sessions poden tenir un contingut formal mes riguros especialment orientat als estudiants provinents de la facultat de matematiques. Tambe per aquests estudiants es programa una sessio d'introduccio a les sequencies de DNA i de proteines. Durant el curs, s'utilitzaran preferentment aquelles eines accessibles a traves de Internet i s'utilitzara el Netscape com a interface preferent.

A continuacio es proporciona el calendari temptatiu del curs. Per diverses circumstancies m'ha estat impossible programar una reunio informativa. Durant les properes setmanes donare a coneixer el contingut especific de les diferents sessions i el material bibliografic. En el calendari a continuacio, les sessions ordinaries del curs apareixen en taronja i els seminaris en vermell

Calendari (i programa temptatiu)

DIA	mati			tarda
	de 9 a 10.30	de 10.30 a 12	de 12.30 a 2	de 4 a 5.30	de 6 a 7.30
divendres, 29 de maig		Presentació del curs (a les 12 hores)	Perspectivas y limitaciones en la asignacion automatica de funcion a proteinas en proyectos genoma Alfonso Valencia, Centro Nacional de Biotecnología
dimarts, 2 de juny	Bases de dades de sequencies	Prediccion estructural en proteinas a la luz de los proyectos genoma. Metodos de "ab initio". Javier de la Cruz, University College London	Prediccion estructural en proteinas a la luz de los proyectos genoma. Metodos de "threading/fold recognition". Javier de la Cruz, University College London	Alineament i similaritat entre sequencies
dimecres, 3 de juny
dijous, 4 de juny	Recerques de similaritat en les bases de biosequencies
divendres, 5 de juny	Reconeixement de patrons en biosequencies.
dilluns, 8 de juny	Identificacio de gens	Modelitzacio tridimensional de proteines: el cas dels GPCRs Ferran Sanz, IMIM	Metodes computacionals d'anal.lisi evolutiu: Calculs fil.logenetics aplicats al estudi del origen del codi genetic. Lluis Ribas, The Scripps Research Institute	Asimetrias en las hebras del DNA Antonio Marín, Universidad de Sevilla	Finalització del curs (fins a les 6.30)

Continguts

INTRODUCCIO
BASES DE DADES DE BIOSEQUENCIES
- Una aproximació històrica
- Les bases de dades principals. Estructura i access
- Les bases de dades secundàries
- "Navegació a través de les bases de dades
ALINEAMENT I SIMILARITAT ENTRE SEQUENCIES
- Alineament de sequencies
- Similaritat o distancia entre sequencies
- Aineaments globals òptims. Programación Dinàmica
- Matrius de pesos ( Scoring Matrices)
- Penalització per insercions (Gap Penalties)
- Alineaments locals
- Alineaments múltiples
RECERQUES DE SIMILARITAT EN LES BASES DE DADES
- FASTA
- BLAST
- Problemàtica associada a les recerques de similaritat en bases de dades
RECONEIXEMENT DE PATRONS EN BIOSEQUENCIES
- El concepte de patró de sequencia (Sequence Pattern)
- Una jerarquia de patrons de sequencia
- Position Weigth Matrices
- Localització de motius funcionals en sequencias de DNA
- Recerques de similaritat sensitives
IDENTIFICACIO DE GENS IN SILICO
- Estadístics codificants
- Patrons de sequencia implicats en l'especificació dels gens
- Integració de senyals i estadístics codificants per a la predicció de l'estructura gènica
- Fiabilitat dels programes per a la predicció de gens
- Identificació de gens en projectes genòmics de gran escala
- Identificació de regions promotores

Bibliografia General (llibres)

Sequence Analysis in Molecular Biology, G.v Heijne. Academic Press (1987)
Nucleic Acid and protein sequence analysis, M.J.Bishop and C.J. Rawlings eds. IRL Press (1987)
Sequence Analysis Primer, M. Gribskov and J. Devereux eds. W.H. Freeman and Company (1992)
Guide to Human Genome Computing, M.J. Bishop ed. Acadmic Press (1994)
Automated DNA Sequencing and Analysis, M.D. Adams, C. Fields, J.C. Venter eds. Academic Press (1994)
Introduction to Computational Biology, M.S. Waterman. Chapman & Hall (1995)
Internet for the Molecular Biologist, Swindell, S.R., Miller, R.R. and Myers, G. eds. Horizon Scientific Press (1996)

Documents accessibles a traves de Internet

Computational Analysis of DNA and Protein Sequences by Baxevanis, Boguski and Oullete (NCBI)
Algorithms for Molecular Biology by Naor and Shamir (Tel Aviv Univeristy)
Algorithms in Molecular Biology by Karp, Ruzzo and Tompa (University of Washington)
BioComputing course on the Internet by Georg Fuellen (University of Bielefeld)
Guide to Sequence Search by Keith Robison (Harvard University)
Georg Fuellen's list of links to Bioinformatics courses (University of Bielefeld)

Roderic Guigo Serra

this page address http://www1.imim.es/PersonalHomePage/rguigo/CursDoctorat98.html